شاه اسماعیل دوم پس از مرگ پدر در مبارزه برای کسب جانشینی و همچنین پس از تاجگذاری و به منظور تثبیت قدرت، کشتارهای بسیاری انجام داد و بسیاری از خاندان سلطنتی را به قتل رساند. او با وجود انجام منکرات، فردی مذهبی و پیرو مذهب شیعه بود. وی در جوانی در محضر عالمان شیعه قواعد و اصول مذهب شیعه را آموخته بود. وی چون یک پادشاه بود و حفظ حکومت برایش از مهم‌ترین امور محسوب می‌شد، در سرآغاز سلطنتش برای کوتاه کردن دست علمای پرقدرت تشیع در آن مقطع زمانی، آنان را تحقیر، زندانی یا تبعید کرد و به روحانیون اهل سنت اهمیت زیادی داد و از آنان حمایت کرد اما از آنجا که مذهب تشیع در آن هنگام کیش رسمی و عرفی جامعه بود و در میان قزلباشان و عامه مردم محبوبیت داشت، شاه اسماعیل دوم قادر نبود بیش از پیش بر سیاست تساهل و مسامح خود با سنیان پافشاری کند لذا با یک تاکتیک سیاسی تغییر خط مشی داد و کوشید اعتقاد خود به مذهب تشیع را آشکار دارد.

در دوره شاه اسماعیل دوم مرزهای کشور آرام و جان و مال مردم از گزند گذر سپاهیان و یورش بیگانگان در امنیت بود. شاه اسماعیل دوم به دلیل اینکه از نفوذ و قدرت سران طوایف قزلباش در هراس بود، دست بسیاری از آنان را از کارهای لشکری و دولتی کوتاه ساخت و جوانان خام و کم تجربه را به جای ایشان منصوب نمود. او در دوران زمامداریش، هیچ جنگی برپا نکرد و جز ازبکان که یک بار به نیشابور حمله کردند و شکست خوردند، هیچ نیروی بیگانه‌ای به شهرها و روستاهای ایران تجاوز نکرد.

در دوران پادشاهی او بین عثمانی و ایران هرگز جنگی اتفاق نیفتاد و پیمان آماسیه همچنان پا بر جا بود اما روابط دو دولت همواره متشنج بود و صلح بیشتر به آتش‌بس شبیه بود. شاه اسماعیل دوم برای نخستین بار نماد شیر و خورشید را به رنگ طلایی بر روی پرچم ایران سوزن دوزی کرد. این پرچم تا آخر دوره صفوی نیز درفش رسمی ایران بود.

خشونت اسماعیل، طرد پریخان خانم دختر قدرت‌طلب و بانفوذ شاه تهماسب، طرز رفتار وی با قزلباشان و مخالفان خود و همچنین به عقیده برخی از مورخان گرایش نهان وی به تسنن، باعث گردید عده‌ای از سرداران قزلباش توطئه‌ای ترتیب داده و وی را در سن ۴۳ سالگی مسموم کردند. شاه اسماعیل دوم را یک روز پس از مرگ در امام‌زاده شاهزاده حسین قزوین دفن کردند.

​​منشأ پیدایش تقلید و روحانیتِ شیعهٔ صفوی 
در پایانِ سلطنتِ شاه اسماعیل،شماری از مُلایانِ منطقهٔ جبل‌عامل لبنان وارد ایران شدند و ‏دستگاهِ دینیِ قزلباشان را در اختیارِ خودشان گرفتند تا تشیّعِ نوینِ صفوی را تئوریزه کنند.
مناطقِ کوهستانیِ جنوبِ لبنان و نیز شمالِ سوریه از دیرباز مرکزِ تجمّعِ«غُلّاتِ شیعه» موسوم به رافضی بود که همواره در اقلیت بودند و زیرِ سلطهٔ حکامِ سُنّی میزیستند.
شام از نظرِ تاریخی مرکزِ فعالیتِ پیروانِ مذهبِ تندروِیِ حَنبَلی بود. 
شیعیانِ شام چون نمیتوانستند از آزادیِ کاملِ مذهبی برخوردار باشند به‌حالتِ واکنشیِ تند در برابرِ حَنبَلیانِ رانده شدند.
در نتیجه در دورانِ ممالیک،در مناطقِ کوهستانی و عمدتاً مسیحی‌نشینِ لبنان که پناهگاهِ گریختگانِ شیعه بود،یک”تشیّعِ شدیداً سُنّی‌ستیز” شکل گرفت که “انتسابش به تَشَیّعِ اثناعشری”بود ولی”ماهیّتش رافضی”بود و در دگرستیزی از حَنبَلیان نیز گویِ سبقت ربوده بود 
با اشغالِ شام توسطِ ترکانِ عثمانی سیاستِ شیعه‌ستیزی دنبال شد و هر شیعه‌ ای در هرجا که بود”بالقوه هوادارِ شاه اسماعیل”بشمار آمد.بسیاری از رهبرانِ شیعیانِ شام مجبور به ترکِ وطن شدند و چون شنیده‌ بودند که در ایران یک دولتِ شیعه بر سرِ کار است به ایران روی آوردند تا همهٔ کینه‌هایِ تاریخی که از سُنّیان در دل داشتند را با خودِشان به ایران آورده،تئوریزه و تدوین کنند. ‏
در ایران پیش از صفویان، هیچ فقیهِ شیعهٔ اثناعشریِ ایرانی وجود نداشته است. کافیست که نگاهی به نامهایِ فقیهان و مُفَسرانِ شیعهٔ دوازده امامی از آغاز تا تشکیلِ سلطنتِ قزلباشان بیافکنیم تا بدانیم که در میانِ آنها حتی یک ایرانی وجود ندارد بلکه همه عرب و عمدتاً از قبایلِ کوفه یا از بومیانِ عراقند. ‏
محمدبن یعقوب کُلِینی از یَمَنی‌تبارانِ عراق،متولد و بزرگ‌ شدهٔ عراق و مقیمِ بغداد بود 
شیخ صدوق از عربهایِ یَمَنی‌تبارِ قم بود 
شیخ مفید از بومیانِ جنوبِ عراق بود 
شیخ طوسی و شیخ طبرسی نیز عرب‌تبار بودند که خاندانِشان از عراق به ایران آمده بود.
‏در ایران ماقبلِ صفوی،از شیعهٔ اثناعشری خبری نیست، مگر در قم و کاشان. عرب‌تبارهایِ پارسی‌ زبان شدهٔ قم و کاشان،شیعهٔ دوازده امامی بودند و مذهبی نزدیک به مذهبِ قزلباشان داشتند. 
با رویِ کار آمدنِ شاه طهماسب،قبایلِ مختلفِ قزلباش بر سرِ تقسیمِ خَیراتِ کشورِ ما در میانِ خودِشان به رقابت افتاده بودند.چون عرب‌هایِ عراقی، لبنانی و اِحسایی واردِ ایران شدند و رهبریِ دینی را به‌دست گرفتند 
هرکدام از سرانِ قزلباش،یکی از آنها را در دامنِ حمایت گرفت.در نتیجه میانِ عربهای تازه ‌وارد رقابتِ گسترده‌ای آغاز شد.سرشناسترینِ آنها شیخ علی‌ابن عبدالعالی کَرَکی اهلِ کَرَک در جنوبِ لبنان،امیر نعمت اللّه اهلِ حِلّه و شیخ ابراهیم اهلِ قَطیف بودند.در نهایت،دستگاهِ دینی و قضایی و سازمانِ اوقافِ ایران بد‌ستِ شیخ کَرَکی و یارانِ لبنانی‌اش افتاد.کَرَکی که ادعایِ نیابتِ امامِ غایب را داشت قزلباشان را با اصطلاحِ “نایبِ امام”آشنا کرد و تعریفی که از “نایبِ امامِ غایب”داد چنان بود که بر خودِ او مصداق می‌یافت.
شیخ کَرَکی دستگاهِ دینی و قضایی و اوقافِ کشورِ ایران را در انحصارِ عربهایِ تازه‌ واردِ لبنانی قرار داد.
اینگونه،ایران بدستِ مردمی افتاد که هیچ سهمی در تمدنِ خاورمیانه نداشتند و همواره در حاشیه‌هایِ تمدن زیسته بودند یعنی ترکانِ آمده از بیابانهایِ آناتولی(ترکیه)و عَرَبانِ آمده از روستاهایِ جنوبِ لبنان. ‏
شیخ کَرَکی و لبنانیان به سرانِ قزلباش و شاه طهماسبِ نوجوان فهماندند که”سلطنتِ حقیقی از آنِ امامِ غایب است و پادشاه باید سلطنتش را از معصوم دریافت دارد تا مشروعیت داشته باشد.” 
در نتیجه برایِ نخستین‌بار در تاریخِ ایران،”مقامِ مرجعیتِ شرعی”به گونه‌ ای که اکنون میشناسیم توسطِ شیخ کَرَکی ابداع شد ‏و این عقیده تدوین گردید که بدونِ اذنِ مرجع که نمایندهٔ معصوم است هیچ سلطنتی مشروعیت ندارد. 
کسانیکه میگویند«ولایتِ فقیه»یک صیغهٔ نوظهور است که در سدهٔ اخیر ابداع شده،از این جریانها آگاهی ندارند. ولایتِ فقیه را نخستین‌بار در تاریخِ ایران شیخ کَرَکی ابداع کرد و ‏خودش ولیِ فقیه در سلطنتِ شاه طهماسب شد و منبع مشروعیتِ سلطنتِ او شد.
اینگونه بود که مُلّاهایِ آمده از جنوب لبنان،شریکِ سلطنتِ قزلباشان شدند و‌ برایِ نخستین‌ بار در تاریخِ ایران،یک حاکمیتِ دوگانه ایجاد گردید که برایِ همیشه ماندگار شد. 
تا پیش از دورانِ صفوی، مسلمانانِ ایران آموخته بودند که ‏عقاید و باورها را بشنوند و بسنجند و بهترینش را برگزینند.
اما از وقتیکه فقیهانِ لبنانی وارد ایران شدند و دستگاهِ دینیِ قزلباشان را قبضه کردند، یک عنصرِ نوینی واردِ دستگاهِ فکریِ ایرانیان شد بنامِ تقلید. 
تقلید در فرهنگِ ایرانی وجود نداشت زیرا با فرهنگِ اصیلِ آزاداندیش و خردگرایِ ایرانیان درتعارض بود.
مرجعِ تقلید که از لبنان آمده بود به مردمِ ایران حکم کرد که دینِ‌تان و باورهایِتان را باید از من بشنوید و از من بیاموزید و از من بگیرید؛خودِتان حقِ فکر کردن و برگزیدنِ عقیده و باورِتان را ندارید،زیرا شما نمیدانید و من میدانم،زیرا نمایندهٔ خدا و نمایندهٔ امامِ معصوم و ارائه‌ دهندهٔ احکامِ دین خدا منم. ‏
اینگونه بود که مقدمهٔ تعطیلِ فکر،که نتیجهٔ ممنوع بودنِ تفکر برایِ انتخاب بود در ایران آغاز گردید.
امتناعِ تفکر،نتیجهٔ حتمیِ پیدایشِ تقلید بود. 
آمده‌گان از لبنان به مردمِ ایران حکم میکردند که ما فقها می‌اندیشیم و میگوئیم و شما ایرانیها بشنوید و اطاعت کنید و بی‌پرس و جو بکار بندید.
شیخ کَرَکی صدها نفر را با عنوانِ فقیه از لبنان به ایران آورد،واردِ دستگاهِ دینی کرد و کلِ دستگاهِ دینیِ ایران بدستِ لبنانیها سپرده شد.از آن‌ پس تا پایانِ دورانِ صفوی،هرچه فقیهِ شیعه در ایرانِ صفوی میشناسیم فرزندان و نواده‌گان همین لبنانیان بودند.
‏بر هر فقیهِ نامدارِ دوازده امامی دورانِ صفوی و منسوب به شهرهایِ ایران با لقبهائی همچون استرآبادی،قزوینی، سیستانی،اردبیلی،تبریزی و… دست بگذاریم وقتی ریشه‌اش را میکاویم می‌بینیم که به یکی از این لبنانیها یا یک عراقی خواهد رسید..
منبع: قزلباشان در ایران

پس از او شاه محمد خدابنده به عنوان چهارمین شاه صفوی به سلطنت رسید. پیگیری نشدن و ناگهانی بودن مرگ شاه توسط مقامات رسمی و امرا موجب ابهام در مورد قتل وی از نظر مردم شد به همین دلیل

پس از مرگ وی در سال‌های بعد چهار نفر به به دروغ خود را شاه اسماعیل خوانده و در پی به دست گرفتن قدرت برآمدند. شاه محمد خدابندهٔ صفوی یا محمد میرزا (۹۸۵ تا ۹۹۶ ه‍.ق) فرزند تقریباً نابینای شاه تهماسب بود که از کشتار خانوادگی شاه اسماعیل دوم به دلیل نابینایی جان سالم به در برد و پس از کشته شدن شاه اسماعیل دوم از سوی امرای قزلباش به حکومت برگزیده شد. وی پیش از رسیدن به سلطنت حاکم فارس بود. وی به علت مهربانی و نابینایی نتوانست با اقتداری مانند پدرش تهماسب یا فرزندش شاه عباس حکومت کند و در دورهٔ کوتاه حکومت وی عثمانیان از اوضاع نابسامانی که پس از مرگ شاه اسماعیل دوم ایجاد شده بود استفاده کرده و تبریز را اشغال کردند. او به‌دلیل نابینایی مجبور بود که قزلباش‌ها را ساکت نگاه دارد؛ به‌همین‌دلیل پول‌های خزانه را به قزلباش‌ها می‌داد؛ بنابراین، پس از مدتی خزانه خالی شد.

تلاش‌های شاه محمد خدابنده برای بازپس‌گیری تبریز به‌دلیل اختلافات داخلی امرای قزلباش با شکست مواجه شد و این شهر تا زمان شاه عباس یکم در تصرف عثمانیان باقی‌ماند. سلطنت کوتاه وی (به مدت ۱۰ سال) با به قدرت رسیدن فرزندش شاه عباس به کمک مرشدقلی خان حاکم مشهد به پایان رسید. با به سلطنت رسیدن شاه عباس یکم وی کاملاً از امور سیاسی فاصله گرفت تا این که در سال نهم حکومت فرزندش عباس در قزوین به بیماری مبتلا شده و درگذشت. پیکر وی به عتبات نقل شده و در آنجا به خاک سپرده شد.

شاه محمد خدابنده در جنگ‌های خراسان، محاصره قلعه نیشابور، محاصره قلعه تربت و نبرد تیرپل در مقابل پسرش عباس میرزا (شاه عباس یکم شاه پس از او) و علی‌قلی‌بیگ گورکان شاملو جنگید

شاه عباس یکم

 

پویا عبدی نیان